Se inició con tres cátedras: Instituciones Médicas (Juan Antonio Fernández); Instituciones Quirúrgicas (Francisco Cosme Argerich) y Clínica Médica y Quirúrgica (Francisco de Paula Rivero).
El material de enseñanza y los textos usados en los primeros años fueron casi exclusivamente de origen francés e italiano, debido a la influencia de dos reconocidos investigadores de esas nacionalidades: Aimé Bonpland y Pedro Carta Molino, respectivamente. Luego de dos años de iniciada la carrera se contó con sala de disecciones, y el gobierno decretó un presupuesto para costear en Europa el perfeccionamiento de los estudiantes sin recursos. El alumno podía doctorarse en medicina o cirugía, para lo cual debía presentar una tesis. La primera camada de médicos se graduó en 1827.
La vestimenta de los estudiantes era una toga de raso negro, larga y abotonada desde el cuello con una esclavina bordada de color amarillo y negro, y un birrete cuadrangular con una espiga de los mismos colores con flecos hacia los costados. La vestimenta se completaba con guantes blancos y un anillo de piedras preciosas
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